بدين ترتيب‌، مي‌توان گفت در اواسط سده‌ٴ سيزدهم‌، مخالفت كليسا با اصول ارسطو آشكارا پايان گرفته بود. ولي اندكي پس از آن‌، كليسا جنگ را از سر گرفت‌، و اين نه با خود اصول‌ ارسطويي‌، بلكه با شكل ابن رشدي اين اصول بود. براي درك واقعي مفهوم اين مطلب بهترين‌ كار اين است كه به يادداشت مربوط به ابن رشد مراجعه كنيم‌. در واقع مبارزه برضد يك فلسفه‌ٴ جديد نبود، بلكه برضد برخي اصول ابن رشدي بود كه هرگز نمي‌شد آنها را با كلام يهودي‌، مسيحي يا اسلامي سازش داد. اصول ارسطويي رفته رفته تصفيه شده بود؛ ولي اصول ابن‌ رشدي احياي اصول اصلي آيين ارسطو بود. افكاري كه در طي قرن‌ها تعديل شده بود، هنگامي‌ كه ابن رشد با مساعي خلاق خويش بدان‌ها نيرويي تازه و نفوذ دوباره بخشيد، دوباره منفور و خطرناك شدند. نتيجه‌ٴ عجيب اين كار آن بود كه ارسطو مورد قبول كليسا واقع شد، و ابن رشد، يعني بهترين معرف ارسطو، طرد شد!
با اين همه بايد اضافه كرد به همين علت كه آيين ابن رشد (منظورم آيين ابن رشد لاتيني‌ است‌) مورد تعقيب قرار گرفت‌، طبعاً مخرب‌تر شد؛سرانجام همه‌ٴ ناراضيان را به خود جلب كرد، و به صورت سنگر فكري مبارزه با مقامات ديني و دنيوي درآمد.
مبارزه‌ٴ جدي با اصول ابن رشدي را استفان تامپيه اسقف پاريس‌، از 1268 تا 1279 آغاز كرد، و در 1270، اين اصول را ضمن فتوايي تكفير كرد. اين فتوا، فتواهاي ديگري را به دنبال داشت‌؛ سرانجام در 1277، فهرستي از 219 موضوع منتشر كرد كه رسماً مورد سانسور قرار گرفته بود. اين موضوع‌ها شامل مجموعه‌ٴ يكپارچه و هماهنگي نبود. ظاهراً استفان سعي كرده بود همه‌ٴ افكار خطرناك را، صرف‌نظر از منشأ و موضوع آنها، گردآوري كند، تا دانشگاه را يكباره پاك‌ سازد. بسياري از اين افكار مخرب متعلق به ارسطو بود، برخي به ابن رشد اختصاص داشت‌، برخي ديگر نوافلاطوني بود، و تعدادي از آنها را هم افرادي چون قديس توما، راجر بيكن‌، اجيديوي رُمي ارائه كرده بودند. با اين همه‌، بر اثر سوءتفاهمي كه قبلاً، بدان اشاره كردم‌، فتواي‌ سال 1277، را معمولاً تكفير اصول ابن رشدي‌، يا به عبارت دقيق‌تر، تكفير سيژاي براباني و بوئتيوس داسيايي تلقي مي‌كنند.
ساير اسناد اين عصر هم‌، داراي همان زمينه‌ٴ فكري است‌؛ از جمله يكي از انتشارات آكسفورد با عنوان خطاهاي موجود دركتب ضاله‌ٴ انگليسي و پاريسي‌، و يك اثر اسپانيايي به نام در باب‌ خطاهاي فلسفي‌، كه اشتباهاً آن را به اجيديوي رمي نسبت داده‌اند. در باب خطاهاي فلسفي بسيار جالب است‌، چون موٴلف براي تبرئه‌ٴ ارسطو سعي زيادي كرده است‌. اين كه او در اين كار محق‌ بوده يا نه بسته به نظر هر شخص فرق مي‌كند. اغلب خطاها ارسطويي بود، ولي آموزش جديد بدان‌ها نيروي زندگي تازه بخشيده و آنها را توسعه داده بود. در اصل اين چيزي نبود جز لحظه‌اي‌ كوتاه در مبارزه‌ٴ طولاني ميان علم و كلام‌.