رساله‌ٴ طاعون در سه بخش است‌، درباره‌ٴ علت‌هاي بيماري‌؛ روش‌هاي مناسب براي پرهيز از آن و درمان‌. در بخش اول گفته مي‌شود بيماري ممكن است ناشي از عفونت باشد، كه بر اثر فقدان تندرستي‌، آب راكد يا هواي آلوده پديد مي‌آيد. دو نشانه‌ٴ بيماري‌، تب و دمل است‌. مسئله‌هاي مختلفي در مورد ابتلاپذيري افراد مورد بحث قرار گرفته است‌. بخش دوم در مورد احتياطهايي است كه هر كس بايد در برابر بيماري داشته باشد. مكان سكونت و شرايط زندگي‌ مناسب تشريح شده است‌؛ روش‌هاي بخوردادن‌، تغذيه‌ٴ مناسب و ورزش توصيه شده است‌. فصد بايد با احتياط همراه باشد. در بخش سوم‌، روش‌هاي درمان توصيف شده‌، كه عبارت است‌ از مسهل‌، فصد و داروهاي تقويتي‌.
اسرار اعمال طبي در حدود سال 1378 تأليف شد. او در مقدمه مي‌گويد شارل پنجم‌، شاه‌ فرانسه از او خواسته تا ((گزيده‌ٴ كوتاه و سودمندي از كتاب‌هاي متعدد طبي فراهم آورد)). اين كتاب‌ بر اساس نوشته‌هاي جالينوس‌، اسكندر ترالِسي‌، رازي‌، ابن‌سينا و گاريوپُنتوس است‌. يوآنز مي‌گويد از ترتيب كتاب قانون ابن‌سينا پيروي نكرده‌، بلكه در ترتيب كتاب خود پيرو گاريو پُنتوس (يازدهم ـ1) بوده است و كتاب او دايرةالمعارفي است كه ((گاه حذف كرده و گاه مطالب‌ سودمند و مناسب را افزوده است‌.)) اسرار در شش كتاب است‌، هر كتاب شامل چندين باب و فصل‌. كتاب اول درباره‌ٴ بيماري‌هاي سر، از قبيل ميگرن‌، سرگيجه‌، جنون‌، ماليخوليا و غيره‌؛ هم‌چنين بيماري‌هاي چشم‌، گوش‌، بيني‌، دندان و دهان‌. كتاب دوم در باب بيماري‌هاي ((از سر تا حجاب حاجز))، شامل فصل‌هايي در باب شش‌ها، شكم و كبد؛ كتاب سوم در باب طحال‌، زهدان‌، كليه و غيره‌؛ كتاب چهارم در باب سياتيك‌، نقرس و غيره‌؛ كتاب پنجم در باب درد، رعشه‌، استسقا، فلج و غيره‌. در كتاب ششم بحث مشروح و مفصلي در باب اقسام تب‌ها وجود دارد. كتاب در مجموع مستقل از اثر گاريو پُنتوس است و دست كم يك بار به عبري‌ ترجمه شد.
هم‌چنين‌، يوآنز كتابي در باب سنگ مثانه نوشت‌، كه خيلي خلاصه‌تر و مناسب‌تر از كتاب‌ معاصرش ژان دو تورنامير است‌. يوآنز ياكوبي بيشتر مطالبش را به‌طور مستقيم از منبع‌هاي‌ عربي اخذ نكرده بود، بلكه بيشتر از گيلبرت انگليسي‌، برنار گوردوني‌، جان گادِسدِني و ديگران‌ استفاده كرده بود. اصول درماني او از مال آنها ساده‌تر است و مانند ديگران داروهاي زيان‌بخش يا طلسم‌هاي جادويي را توصيه نمي‌كند. اين رساله در سه بخش است‌: 1) علت‌ها؛ برخي‌ خوردني‌ها و نوشيدني‌ها از قبيل پنير، گوشت گوساله‌، شراب تازه و آب آلوده‌، كه موجب عدم‌ گوارش‌، زيادي خلط و در نتيجه پيدايش سنگ مي‌شود؛ 2) نشانه‌هاي بيماري‌؛ 3) درمان‌؛ يوآنز برنامه‌ٴ غذايي دقيقي همراه با تعدادي دارو عرضه مي‌كند.
يوآنز كتابي هم نوشت با عنوان دستورهايي بر اساس كتاب چهارم قانون ابن‌سينا درباره‌ٴ تب‌ها، كه