سلطان ايوبي مصر شد و سمت سَرْ گياه‌شناس (رئيس علي سائرالعَشّايين‌) را يافت‌؛ در 1237، ملك كامل سلطنت دمشق را هم به دست آورد و ابن بيطار همراه وي به آن جا رفت‌. پس از وفات كامل در 1238، ابن بيطار چندي به قاهره رفت ولي طولي نكشيد كه به دمشق‌ بازگشت و تا به هنگام وفات‌، در آن جا در خدمت صالح (سلطان مصر و دمشق از 1240 تا 1249)، باقي ماند. جز جاهايي كه هم‌اكنون ذكر شد به نظر مي‌رسد كه در عربستان‌، شام‌، فلسطين تا شرق موصل به گردآوري گياهان پرداخته است‌، و به هر صورت گياهاني را كه در اين مناطق مي‌رويد مي‌شناخته است‌.
مهم‌ترين تأليف او كتاب الجامع في الادوية المفردة است كه مهم‌ترين تأليف عربي و قرون‌ وسطايي در نوع خودش و بزرگ‌ترين اثر از زمان ديوسكوريدس تا سده‌ٴ شانزدهم‌، به شمار مي‌رود. اين فقط يك تأليف اصولي و انتقادي نيست‌، بلكه در عين حال مقدار زيادي مشاهدات‌ شخصي را شامل است‌، و نه‌فقط از ادويه‌ٴ مفرده بلكه از اقسام غذاها هم بحث مي‌كند. صرف‌نظر از موارد مكرر، حدود 1400 ماده‌ٴ مختلف مورد بحث قرار گرفته كه قريب 300 ماده‌ٴ آن (شامل‌200گياه‌) تازه است‌. درواقع تمام معلومات ديوسكوريدس و جالينوس در جامع نقل شده‌، ولي بسياري مآخذ ديگر هم مورد ذكر قرار گرفته‌، كه جمعاً به 150 مي‌رسد و بيست تن از آنان‌ يوناني‌اند. بايد به خاطر داشت كه از اواسط سده‌ٴ دهم‌، كتاب ديوسكوريدس با علاقه‌ٴ زيادي در اسپانياي مسلمان مورد مطالعه قرار گرفت (از جمله ¿ يادداشت اين جانب درباره‌ٴ حسدي بن‌ شپروط، ابن جُلْجُل و ابن وافد در ج 1، ص 665، 666، 709). موٴلفان عربي كه به كرّات از آنان‌ ذكر شده است عبارت‌اند از رازي و ابن سينا.
ابن بيطار توجه زيادي به اسامي مترادف گياهان مبذول داشته و نه‌فقط اسامي عربي و يوناني‌، بلكه گاهي اسامي لاتيني و گويش‌هاي عربي اسپانيا، فارسي و بربري آنها را هم ذكر كرده‌ است‌.
دومين تأليف مهم او از لحاظ اهميت و تاريخ‌، كتاب المُغْني في الادوية المفردة است كه‌ مي‌توان آن را تحريري از كتاب اولي او دانست‌. اين كتاب بيشتر از همان مفردات و گياهان بحث‌ مي‌كند، ولي به جاي اين كه مثل جامع به ترتيب الفبايي تنظيم شده باشد به ترتيب خواص‌ درماني مرتب شده و در بيست فصل است‌: 1) مفردات مربوط به بيماري‌هاي سر؛ 2) مربوط به‌ بيماري‌هاي گوش‌؛ 3) مربوط به بيماري‌هاي چشم ... 17) مواد آرايشي‌؛ 18) مفردات تب‌بر؛ 19)پادزهر؛ 20) متداول‌ترين داروها. بنابراين المغني كاملاً جنبه‌ٴ متفاوتي دارد، يعني به جاي‌ تاريخ طبيعي كتاب ادويه‌ٴ مفرده است‌. مراجع استناد فرق مي‌كند. مثلاً ابوالقاسم در المغني بيشتر از الجامع مورد استناد قرار گرفته است‌.
به نظر مي‌رسد كه ابن بيطار قسمت مهمي از ادويه‌ٴ مفرده‌ٴ خود را از ادريسي و بيش از آن از