تاريخ كليسا به‌نوبه‌ٴ خود در دو قسمت است‌: 1) تاريخ عهد عتيق‌، مسيحيت قديم‌، بطريق‌هاي‌ كليساي انطاكيه‌، و بطريق‌هاي منوفيزيت‌، 1285؛ 2) تاريخ كليساي شرقي شام‌، بطريقان‌ يعقوبي‌، و جاثليقان نسطوري تا 1286. در اين قسمت يادداشت‌هاي حسب حالي اضافه شده‌؛ و بعدها برادرش بارصوما صفي شرح حال موٴلف‌، و ذيل كتاب را تا 1288، نوشته است‌. ذيل‌هاي ديگري درباره‌ٴ هر دو بخش تاريخ كليسا تا سال 1495 ـ 1496، در دست است‌.
ابوالفرج در اواخر عمرش‌، بخش تاريخ سرياني را به عربي تلخيص كرد، با عنوان‌ مختصر تاريخ‌الدول‌، و خلاصه‌اي از تاريخ كليسا و شرحي از آثار علمي موجود به زبان عربي را بدان افزود. شرح او بيشتر از تاريخ الحكماي ابن‌قفطي اقتباس شده بود. شايد ابوالفرج بيشتر به‌ خاطر مختصر تاريخ الدول به ياد مانده ؛ و از اين كتاب بود كه اولين بار داستان سوزاندن‌ كتاب‌خانه‌ٴ اسكندريه به فرمان عمر (كه او هم از ابن‌قفطي گرفته‌) سرچشمه گرفت‌.1
4. زبان‌شناسي ــ ابوالفرج كار نحويان قديم سرياني‌، به‌ويژه يعقوب رَهاوي (نيمه‌ٴ دوم سده‌ٴ هفتم‌)، را دنبال كرد و رساله‌هاي متعددي درباره‌ٴ دستور زبان نوشت‌. مفصل‌ترين آنها كتاب‌اللمعات از روي دستور عربي زمخشري (نيمه‌ٴ اول سده‌ٴ دوازدهم‌)، سرمشق گرفته شده و شامل چهار بخش است (اسم‌، فعل‌، حروف‌، كليات‌). دستور كوچك‌تري هم به شعر نوشت‌. دستور باز هم مختصرتري به نثر تأليف كرد، به نام قبسات‌، كه به اتمام نرسيد.
5. فلسفه ــ او سعي زيادي كرد تا فلسفه‌ٴ ارسطو را به سريانيان انتقال دهد بدان سبب آثار زير را تأليف كرد.
1) كتاب مردمك درباره‌ٴ منطق و جدل‌، در هشت قسمت‌، كه قسمت اول مقدمه در فايده‌ٴ منطق است‌، و بقيه خلاصه‌اي است از ايساغوجي‌، قاطيغورياس‌، باري ارمينياس‌، آنالوطيقاي‌ اول‌، طوپيقا، آنالوطيقاي ثاني‌، سوفسطيقا.
2) كتاب سخنان حكيمانه‌، درباره‌ٴ بحث و مناظره‌، طبيعيات‌، مابعدالطبيعه‌، الهيات‌.
3) زُبدةالحكمه يا حكمت حكما، دايرةالمعارف مفصلي درباره‌ٴ معلومات ارسطويي است در چهار بخش عمده‌: الف‌) منطق‌؛ ب‌) طبيعيات‌؛ ج‌) مابعدالطبيعه‌؛ د) اخلاق‌، تدبير منزل‌، سياست مدن‌، قيافه‌شناسي‌. آن را بايد كليات سرياني خواند.
4) Mercatura mercaturarum)Tegerath tegeratha) تجارت تجارت‌ها (تاجر تاجران‌؟ سوق‌الاسواق‌؟) اقتباس از عيون الحكمة ابن‌سينا.
5) منظومه‌ٴ درباره‌ٴ روح‌، كه خلاصه‌ٴ عقايد ارسطوست‌.
6) مختصرفي علم‌النفس به زبان عربي‌.

1. درباره‌ٴ آن داستان ¿ ج 1، ص 450.