مذهب ذن در طي زمان به چهار شعبه‌ٴ مهم تقسيم شد. شعبه‌اي كه در حكم شاخه‌ٴ مادر است‌ رينزائي ـ شو1 ناميده مي‌شود. قديمي‌ترين سه شعبه‌ٴ ديگر سودو (يا سوتو)شو2 نام دارد و دوگن‌3 راهب در 1228، آن را از چين وارد كرد. دوگن پسر نائيدائيجين كوگا ميچيچيكا4 در 1200 زاده شد، در هيئي ـ زان درس خواند، از 1223 تا 1228، به چين سفر كرد؛ در 1253، درگذشت‌. وي در 1228، در كنين ـ جي به تبليغ سودو پرداخت و در 1244، صومعه‌ٴ ايهئي ـ جي‌5 (در بخش اچي‌زن‌) را بنا نهاد كه به صورت معبد اصلي اين فرقه درآمد. وي بيشتر با لقب پس از مرگش شويو دائيشي‌6 (1880) معروف است‌. سودو شو به آموزش كتابي بيش از شعبه‌هاي‌ ديگر اهميت مي‌دهد، و امروز رايج‌ترين فرقه‌هاست‌.
مذهب ذن احتمالاً بيش از همه‌ٴ مذاهب ژاپني به آرمان اوليه‌ٴ بودايي نزديك است‌. البته‌ ارتباط تاريخي آن با آيين بودايي هند از طريق بودي‌دارما مستقيم‌ترين نوع ممكن اين‌گونه‌ رابطه‌هاست‌. تأكيد شديد آن بر انضباط شخصي و الحاد نسبي آن نشان مي‌دهد كه حاوي برخي‌ از تعاليم اساسي بوداست‌. از اين گذشته‌، با اخلاق كنفوسيوسي به‌طور موفقيت‌آميزي هماهنگ‌ شده است‌. اين امر دليل رواج فوق‌العاده‌ٴ آن در ميان نظاميان است‌.
اين مذهب به ژيمناستيك و به وزرش‌هاي تنفسي توجه زيادي دارد كه احتمالاً داراي منشأ هندي هستند، و تائوييان چيني و بودايي آن را تكامل بخشيده‌اند، ولي ژاپنيان با علاقه‌ٴ خاصي بدان‌ مي‌پردازند. اين تمرين‌ها امكانات فوق‌العاده‌اي براي اداره‌ٴ بدن و روح در اختيار انسان قرار مي‌دهد.
از سوي ديگر، تأكيد آن بر مراقبه و گرايش‌هاي باطني آن تا حدود زيادي در رشد هنر موٴثر بوده است‌. هيچ آيين بودايي بر مردم خاور دور (يعني بر افكار مردان برجسته‌) اين چنين تأثير شديدي نداشته است‌.
دو شعبه‌ٴ مهم مذهب ذن ــ رينزائي و سودو ــ در حدود 1917، در ژاپن به ترتيب142/6 و 211/4 معبد داشتند. شعبه‌ٴ سوم به نام اوباكو7، كه اينگن‌8 در سده‌ٴ هفدهم (1655) آن را از چين‌ به ژاپن برد، تنها 519 معبد دارد. بدين ترتيب‌، اين سه فرقه‌ٴ ذن 872/20 معبد از مجموع 191/72 ‌معبد ژاپن‌، يعني يك‌سوم آنها را در اختيار دارند.

مذهب شين (1224)

شين ـ شو يا جودو ـ شين ـ شو9 به معني مذهب جودوي جديد، كه آن را ايكو يا مونتو10 هم‌

1. Rinzai-shū
2. Sōdō-shū (Sōtō)
3. Dōgen
4. Naidaijin Kuga Michichika
5. Eihei-ji
6. Shōyō-daishi
7. Ōbaku
8. Ingen
9. Shin-shū, Jodo-shin-shū
10. Ikkō-shū